Det er ikke usædvanligt, at etablering af større anlæg uden for Natura 2000-områder kan påvirke migrerende arter som bl.a. fugle og fisk, når disse arter bevæger sig uden for Natura 2000-området. Det har imidlertid været omtvistet, i hvilken udstrækning en sådan påvirkning af migrerende arter er omfattet af habitatdirektivets art. 6(3), da påvirkningen ikke sker inden for Natura 2000-området. Dette er nu afgjort med EU-domstolens dom i sag C-142/16 fra april 2017 i sag mod Tyskland om opførelse af kraftværk ved Elben, der krævede konsekvensvurdering af Natura 2000-området 600 km. opstrøms. Samtidigt viser dommen, at vilkår om flerårige overvågningsprogrammer for at undgå skadelig virkning på Natura 2000-områder kan føre til, at der ikke er den fornødne sikkerhed til, at der kan meddeles tilladelse efter habitatdirektivets art. 6(3). Dommens betydning understreges af, at Miljø- og Fødevareklagenævnet foreløbigt i fire afgørelser fra juni 2017 har ophævet afgørelser med bl.a. reference til sag C-142/16. Efter en gennemgang af dommen sammenholdes dommens fortolkning med tidligere sammenlignelige danske sager som bl.a. MAD 2013.816 V om testcentret ved Østerild og Natur- og Miljøklagenævnets afgørelser om Tangeværket, hvilket afsluttes med kort omtale af dom i sag C-529/15 Gert Folk om ansvar for miljøskader efter miljøansvarsdirektivet.